در پی در گذشت آیت‌الله مهدوی کنی، دكتر زالي با صدور پیامی اين ضايعه را به مقام معظم رهبری، بیت شریف ایشان و ملت ایران تسلیت گفت و علو درجات را برای ایشان از درگاه خداوند خواستار شد.    در متن اين پيام آمده است:

از شمار دو چشم یک تن کم                                                                و از شمار خرد هزاران بیش

درگذشت عالم رباني، اسوه اخلاق، مجاهد زاهد مرحوم آیت الله مهدوی کنی مایه تأثر و تألم گردید، ایشان عمری را در راه خدمت به اسلام و انقلاب سپری كرد. ( دانشگاه معظم امام صادق (ع) یادگار مهم آن بزرگ مرد که نقش بی‌بدیلی در تربیت نیروهای ارزشمند برای این مرز و بوم دارد. در تاریخ این کشور همواره جاودانه خواهد ماند) نام و یاد وی با لحظات سرنوشت‌ساز این آب و خاک رقم خورده است، از همراهی با امام امت (ره) تا نخست وزیری، وزارت کشور و سپس در جایگاه مهم رئیس مجلس خبرگان همواره منشاء اثرات خیر بوده‌اند.

این ضایعه مؤلمه را به محضر مقام معظم رهبری (مدظله العالي) اعضای مجلس خبرگان رهبری و ملت شریف ایران تسلیت گفته ادامه راه آن شخصیت برجسته را که در تربیت یافتگان مکتبش متجلی است آرزو نموده و از خداوندمنان برای خاندان بزرگوار ایشان صبر و اجر مسئلت مي نمايم.